Фамилия Бушмагин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в её основу, почти наверняка связано с конкретным ремеслом, но не с тем, которое приходит в голову в первую очередь.

В центре фамилии — слово «бушмаг». В русских говорах, особенно северных и вологодских, так называли не мастера по изготовлению чего-то, а… кожевенный инструмент. Бушмаг — это колотушка или деревянный молоток, которым кожевники разминали и размягчали выделанную кожу. Человек, получивший прозвище Бушмаг, скорее всего, и был тем самым работником на кожевенном производстве — либо владельцем мастерской, где постоянно стучали бушмаги. Фамилия образовалась по простой и стандартной модели: к прозвищу на твёрдый согласный добавили патронимический суффикс -ин, означающий «сын Бушмага» или «из семьи Бушмага». Такой тип фамилий (Бушмагин, а не Бушмагов) характерен для северных и центральных областей России, где активно использовалась форма притяжательного прилагательного с -ин.

Встречается и другая, менее распространённая версия, связывающая корень «бушма» с диалектным обозначением неуклюжего, медлительного человека. В некоторых говорах «бушма» — это увалень или неповоротливый мужчина. Однако в пользу ремесленной версии говорит то, что прозвища по инструменту (Топор, Молот, Кочерга) давались охотнее, чем абстрактные характеристики, и оставляли более заметный след в фамилиях. К тому же, однокоренные фамилии — Бушмаков, Бушмин — также тяготеют к северным территориям, где кожевенное дело было одним из основных промыслов.

Фамилия Бушмагин не получила широкого распространения и осталась локальной. Её носители встречаются преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, а также в Сибири, куда переселенцы с Русского Севера уходили в поисках новых земель. Сословная принадлежность предков была преимущественно крестьянской или ремесленной — никакого дворянства за бушмагом не водилось.