Фамилия Бутковська — это женская форма мужской фамилии Бутковський, и её происхождение напрямую связано с географическим названием. В отличие от многих русских фамилий на -ов/-ев или -ин, образованных от прозвищ, эта фамилия принадлежит к типично польской и украинской модели на -ський/-цький. Такой суффикс указывал на принадлежность к местности: её получил человек, который либо владел селом Бутков (или Бутково), либо был оттуда родом. Без географической привязки такие фамилии не возникали.

Основа «Бутк-» восходит к имени или прозвищу Бутко. Это уменьшительная форма от канонического имени Бут — древнерусского или польского сокращения от Будимир, Будислав или Бутемир. В западнорусских землях имя Бут фиксируется с XV века. Человек по прозвищу Бутко мог быть сыном или слугой некоего Бута, а его потомки, перебравшись в другое село, получали фамилию по названию покинутого места.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с диалектным словом «бут» — «глухой звук, стук» или «ботва» (в некоторых говорах). Однако прозвище от такого корня не дало бы массовой топонимической фамилии на -ський. Правдоподобнее, что поселение Бутков или Бутково существовало в нескольких местах на территории современных Польши и Западной Украины, и фамилия Бутковський/Бутковська возникла независимо в разных родах.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Бутко́вська, что соответствует польской акцентной норме. В украинском варианте возможно ударение на первый слог, если фамилия происходит от села Бу́тків. В любом случае, носительница фамилии может с уверенностью сказать, что её предки были шляхтой или зажиточными крестьянами, получившими фамилию по месту жительства, а не по ремеслу или внешности.