Фамилия Бутковы, как и многие русские фамилии, пошла от личного прозвища. Её основа — прозвище Буток или Бут, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Бута» или «из рода Бутка». Само прозвище многозначно, и здесь есть несколько версий, каждая со своей логикой.

Самая прямая из них ведёт к украинскому слову «бут». У него два основных значения: «строительный камень для фундамента» и «зелёный лук». Прозвище могли дать либо крепкому, коренастому человеку (по ассоциации с камнем), либо тому, кто торговал луком или имел к нему отношение. Есть и более тёмное значение, уходящее во времена ордынских набегов: бутом называли пленника, насильно обращённого в мусульманство. Эта версия менее бытовая, но исторически возможна для южных земель.

Другая гипотеза выводит прозвище из польского but — «сапог». В таком случае Бутком могли прозвать сапожника или того, кто ходил в приметной обуви. Модель образования типична: профессия или характерный предмет переходили в прозвище, а затем в фамилию. Интересно, что однокоренная фамилия Бут — без суффикса — встречается и у известных исторических фигур, например у Павла Михновича Бута (?–1638), руководителя казацкого восстания на Украине. Это не значит, что все Бутковы — его потомки, но показывает, что прозвище было в ходу уже в XVI–XVII веках.

Самое раннее упоминание прозвища в документах относится к 1485 году: в Новгороде записан крестьянин Бут. Это говорит о том, что основа фамилии бытовала на русском северо-западе ещё до централизации государства. Фамилия Бутковы — не редкий случай, когда прозвищная форма закрепилась в нескольких регионах независимо, поэтому точное место её возникновения назвать сложно. Процесс шёл долго, и одна и та же фамилия могла оформиться в разных концах славянского мира.