Фамилия Бутковский — классический пример родового именования, образованного по польско-украинской модели с суффиксом -ский. Эта модель указывала на принадлежность к месту или на происхождение от конкретного человека: в данном случае Бутковский — это буквально «сын или потомок Бутка». Основа здесь — прозвище или имя Бутко, а суффикс -ский (в польском варианте -ski) превращал такое прозвище в фамилию дворянского или шляхетского звучания, хотя носителями её могли быть и крестьяне, и мещане.

Сам корень Бут- многозначен, и единой версии его происхождения нет. Самая бытовая и понятная версия связана со словом «бут» в поволжских говорах — так называли слепня или овода. В переносном смысле Бутко могли прозвать назойливого, приставучего или язвительного человека. В других славянских языках «бут» — это зелёный лук, так что предок Бутковских мог быть огородником или зеленщиком. Есть и историческая версия: во времена ордынских набегов «бутом» называли пленника, насильно обращённого в ислам, — такое прозвище могло закрепиться за человеком с непростой судьбой.

Не обошлось и без влияния соседних языков. В польском but — «сапог», и Бутко могло быть прозвищем сапожника. А в литовском языке есть глагол būti — «быть, существовать», от которого образован целый пласт древних литовских имён: Бутаутас, Бутивидас, Бутигейдис. Имя Бутко могло быть как их сокращённой формой, так и самостоятельным именем. Именно в Польше и Великом княжестве Литовском корень «бутк-» дал множество фамилий: Буткевич, Буткович, Бутковский. Поэтому географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным землям бывшей Речи Посполитой — современным Польше, Беларуси, Западной Украине и Литве.

Таким образом, носитель фамилии Бутковский может вести род как от человека с острым языком (в духе овода), так и от сапожника, огородника или выходца из литовской языческой знати. Какая из версий верна для конкретной семьи — зависит от места, где фамилия впервые закрепилась, и от семейных преданий.