Фамилия Бууханов — редкий случай, когда географический ареал бытования подсказывает разгадку надёжнее, чем прямой разбор корня. Носители фамилии компактно проживают в Бурятии и Иркутской области, что сразу отсекает большинство стандартных тюркских или монгольских толкований. В основе лежит бурятское мужское имя Буухан, которое в свою очередь восходит к слову «бууха» — «спускаться», «сходить» или «садиться» (о всаднике). В родильном обряде бурят имя нередко давали ребёнку, родившемуся «на спуске», то есть после долгого или трудного периода у матери, или же мальчику, появившемуся на свет во время перекочёвки, остановки рода.

Русский суффикс -ов присоединился к бурятской основе при оформлении фамилии в официальных документах конца XIX — начала XX века. Это типичная модель для бурятских фамилий, попавших в метрические книги: имя отца (Буухан) превращалось в фамилию сына (Бууханов) по аналогии с русскими отчествами. Интересно, что в некоторых записях встречается вариант Бууханаев — с бурятским притяжательным аффиксом -ай, что указывает на более ранний, не до конца русифицированный этап фиксации фамилии.

Существует соблазн связать Буухан с тюркским «буу» (пар, туман) или с монгольским «буу» (ружьё), но обе версии разбиваются о простой факт: в бурятском языке слово «буу» в значении «ружьё» не образует антропонимов без дополнительных суффиксов, а «туманная» этимология не находит подтверждения в реальных именах. Правдоподобнее всего версия с глаголом «спускаться» — она подтверждается и тем, что в бурятской антропонимике известны имена, данные по обстоятельствам рождения.

С точки зрения социальной истории, Буухановы — это не потомки князей или лам, а, скорее всего, выходцы из крестьян-скотоводов хоринских или селенгинских бурят. В советское время фамилия не получила широкого распространения за пределами Бурятии, поэтому её носители до сих пор составляют компактную группу, хорошо знающую свои родословные корни.