Фамилия Буйновский — типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, распространённой в Польше, на Украине и в Беларуси. Суффикс -ский указывает на связь с местностью: так называли человека, владевшего землёй или жившего в населённом пункте с похожим названием. Скорее всего, основатель рода происходил из села или усадьбы Буйново, Буйновичи или Буйнов. Таких топонимов немало в западных регионах бывшей Речи Посполитой, особенно на территории современной Беларуси и Смоленщины.

Однако народная этимология связала фамилию с русским прилагательным «буйный». Прозвище Буйный давали человеку с крутым нравом, вспыльчивому или непокорному. Потомок такого человека мог получить фамилию Буйновский уже по отцу — как «сын Буйного», но с добавлением дворянского суффикса -ский, который в XVII–XVIII веках нередко присваивали даже незнатным людям, желавшим звучать «благороднее». Эта версия менее вероятна с точки зрения словообразования: для прямого прозвища естественнее была бы форма Буйнов или Буйнин, а не Буйновский.

Существует и третья, совсем редкая гипотеза — о тюркском корне. Якобы в основе лежит слово «буйнос» (с шеей горностая), но это натяжка: в тюркских языках нет устойчивого антропонима с таким значением, а фамилия Буйновский не встречается среди татарских или башкирских родов. Эту версию ономасты не поддерживают.

На практике фамилия Буйновский встречается в основном у потомков польской и белорусской шляхты, а также у крестьян, получивших фамилию по месту жительства при переписях XIX века. В России она редка, но известна благодаря морскому офицеру и литератору Сергею Буйновскому — автору воспоминаний о советском флоте.