Вероятнее всего, в основе фамилии лежит тюркское личное имя Чага, которое восходит к слову caqa – дитя, детеныш, маленький мальчик, ребенок. Также не исключено, что именование Чага являлось прозвищем. Так, в турецком языке Чагой называют цыпленка или вороненка, а в половецком это слово имело значение «девушка-невольница». Таким образом, Чагой могли называть неопытного, желторотого человека (по аналогии с птенцом) или же рабыню. По другой версии, фамилия образована от русской основы. Так, чагой называется нарост на березе. Человека так могли прозвать по утолщению кожи на лице, напоминающему березовый нарост, которое образуется при некоторых болезнях, например, при волчанке. Также возможно, что Чага – пример профессионального именования, указывающего на род деятельности предка. В этом случае оно восходит к глаголу «чагать» - ловить рыбу тремя сетями. Первые документальные упоминания о представителях рода Чагиных датируются XVI веком. Так, из письменных источников известны Истома Федорович Чагин (1544 год) и род Чагиных (XV-XVI века, Кашинский уезд). Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Чагиных можно лишь на основании генеалогических исследований.