Фамилия Чечер звучит нестандартно для русского уха — в ней нет привычного суффикса -ов или -ин. Это указывает на то, что перед нами застывшее прозвище или топоним, который не стали переделывать по «родовой» модели. Носители фамилии Чечер живут в основном на юго-западе России и в Беларуси, что сразу даёт подсказку о происхождении.

Скорее всего, фамилия образована от названия города Чечерск в Гомельской области Беларуси. Жителя этого города в старину называли «чечер» или «чечерец» — так же, как москвича называют «москвич», а не «москва». Со временем прозвище по месту жительства закрепилось за потомками и стало фамилией. Подтверждает эту версию и то, что в белорусской ономастике фамилии без суффикса, образованные от названий городов, встречаются: например, Могилёв (от Могилёв) или Витебск (от Витебск).

Есть и вторая версия, более редкая. В южнорусских говорах «чечер» или «чечора» могли называть человека с плохими зубами — от диалектного глагола «чечерить» (скалиться, щериться). Но эта гипотеза слабая: прозвища по физическим недостаткам обычно давали с уменьшительными суффиксами (Чечера, Чечёрка), а не в чистом виде. К тому же географическая привязка к Чечерску выглядит убедительнее и подтверждается плотностью фамилии именно в тех краях.

Словообразовательно фамилия Чечер стоит особняком. Если бы она была от имени или профессии, её бы оформили суффиксом принадлежности — Чечеров или Чечерин. Отсутствие суффикса говорит о том, что фамилия либо очень древняя (дворянские фамилии вроде Толстой, Дурново тоже шли без суффиксов), либо, что вероятнее, прозвище просто не успели «русифицировать» — так и записали в документах. В списках казаков Запорожской Сечи, например, фиксировали именно прозвища в исходном виде, без переделки на русский лад.

Известных исторических личностей с фамилией Чечер не сохранилось ни в дворянских родословных, ни в советских энциклопедиях. Это фамилия крестьянская или мещанская, распространённая в среде, где люди редко попадали в исторические хроники. Но именно эта неприметность и делает её ценной для этимолога: Чечер — чистый пример того, как географическая привязка превращается в родовое имя без лишних наслоений.