Фамилия Чекус — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, не обрастая стандартными русскими суффиксами -ов или -ин. В ней нет окончания, типичного для великорусских фамилий, что сразу выдаёт её вероятное происхождение: скорее всего, перед нами украинская, белорусская или польская модель. Если бы предок жил, скажем, под Москвой, его бы записали Чеку́совым или Чеку́евым. Но он остался Чекусом — и это главная зацепка.

Основа фамилии — прозвище Чекус. В его основе лежит тот же корень, что и в глаголе «чекать» (от тюркского «чекмек» — бить, ударять) или в слове «чекуша» — небольшой молоток, которым забивают клинья. В южнорусских и малороссийских говорах «чекуша» также означала деревянную колотушку, а в переносном смысле — человека крепкого, коренастого или, наоборот, не в меру драчливого. Таким образом, Чекус — это прозвище по орудию труда или по характеру: либо предок был плотником, либо обладал тяжёлой рукой и крутым нравом.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с диалектным словом «чекус» (небольшой, короткий предмет, обрубок). В этом случае прозвище могло достаться человеку невысокого роста или с какой-то заметной особенностью телосложения. Сравните с фамилией Чекунов (от «чекун» — бойкий, торопливый человек) — корень тот же, но суффикс другой.

Географически фамилия Чекус встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её западнославянскую или украинскую огласовку. В документах XIX века носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, ремесленниками. Сословной элиты среди Чекусов не прослеживается — это фамилия простого люда, и в этом её подлинность: она прямо говорит о занятии или бытовой черте предка, без позднейших приписок и дворянских легенд.