Фамилия Ченикаева — женская форма фамилии Ченикаев, которая образована от мужского прозвища или имени Ченикай. Основа фамилии — тюркское личное имя Ченикай, где «чени» может восходить к слову «чин» (правда, порядок, чин) или к «чын» (колокол, звон). В тюркских языках распространены имена с компонентом «-кай», который обычно имеет уменьшительно-ласкательное значение, так что Ченикай — это, скорее всего, «маленький Чени» или «Чени-родной». Фамилия бытует в среде народов Поволжья и Урала, особенно у башкир и татар, где такие антропонимы на «-кай» не редкость.

Суффикс «-ев» в фамилии Ченикаев указывает на притяжательное значение: «сын Ченикая» или «из рода Ченикая». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от тюркских основ, когда к имени на согласный добавляется «-ев» (а не «-ов»). Географически фамилия встречается в Башкортостане, Татарстане и соседних областях, что подтверждает её тюркские корни. В дореволюционных записях она могла фиксироваться как Ченикай, Ченикеев, но вариант с «-аев» закрепился под влиянием русского делопроизводства.

Сословно носители фамилии, вероятно, относились к тептярям или башкирским крестьянам, реже — к служилым людям. Точных сведений о конкретном историческом Ченикае нет, но имя нередко давали по родовому тотему или качеству: «чин» могло означать «честный, прямой», а «чын» — «звонкий, громкий», что могло стать прозвищем для бойкого или говорливого человека. Фамилия не слишком распространена, и её носители в основном сохраняют связь с урало-поволжским регионом.