Фамилия Черчинцева — женская форма фамилии Черчинцев, и её разговорный, «бытовой» вариант (на -а) закрепился официально. Чтобы понять её происхождение, нужно посмотреть на суффиксальную модель, которая в русской ономастике встречается не каждый день.

Основа фамилии — «Черчин-». Здесь работает редкий суффикс -ин-, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей сын?» — Черчина. Но сам суффикс -ин- в данном случае наращивается на корень, оканчивающийся на -ц, что даёт характерное чередование: ц//ч. То есть исходное прозвище или имя звучало как Чернец или Чернецкий (от «чернец» — монах, человек в чёрном, либо от прилагательного «чёрный»). При образовании фамилии по схеме «Чернец → Чернецов» или «Чернецкий → Чернецкий» суффикс -ин- не появляется. Но если прозвище было Черча (уменьшительное от Чернец), то от него по модели «Черча → Черчин» (чей?) и возникла фамилия Черчинцев.

Вторая особенность — суффикс -цев. Он характерен для фамилий, образованных от названий населённых пунктов на -цы, -цк (например, Черчинцы, Черчинск). Человек из такого села или деревни получал прозвище Черчинец, а его потомки — фамилию Черчинцевы. Таким образом, наиболее вероятная версия: фамилия ведёт происхождение от географического названия. Поселения с корнем «черн-» (Чернец, Черницы, Черчин) встречаются в Центральной России и на юге, особенно в бывших Рязанском и Тульском краях. Там «чернью» называли и чёрную землю, и тёмный лес, и людей с тёмными волосами.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище от диалектного «черча» (чертёнок, нечисть) или от тюркского «черчин» (воин, дозорный). В пользу последней говорит то, что на южных рубежах Московского государства в XVI–XVII веках служили «черкасы» и «черчинцы» — казаки и сторожевая стража. Однако для фамилии Черчинцев эта гипотеза слабее: суффиксальная модель (на -цев) твёрдо указывает на русскую, а не тюркскую основу.

По сословной принадлежности Черчинцевы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, которые после засечной черты перешли в податное состояние. Фамилия не дворянская (нет титульных суффиксов -ский/-цкий в полной форме), но и не поздняя искусственная — такие фамилии складывались в XVI–XVII веках естественным путём, по месту жительства или прозвищу главы семьи.

В современном написании фамилия Черчинцева встречается нечасто. Её носительницы живут в основном в европейской части России, с заметным скоплением в Воронежской и Липецкой областях, что косвенно подтверждает версию о происхождении из чернозёмных районов, где «чернь» и «чернецы» были обычными словами.