Фамилия Чёркинэ — редкий случай, когда написание сразу подсказывает путь к разгадке. Конечное -э выдаёт нерусское происхождение: в русских фамилиях такой суффикс не встречается. Скорее всего, перед нами молдаванин или румын, чью фамилию записали кириллицей, сохранив оригинальное окончание. В румынском языке фамилия выглядит как Ciorchine, и её основа — слово «ciorchine» (гроздь, кисть, пучок). Прозвище Чёркынэ могли дать виноградарю или садоводу, либо человеку с пышной шевелюрой или бородой, напоминавшей гроздь.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — связь с фамилией Чёркин, которая встречается у русских. В таком случае -э могло появиться при адаптации в молдавской или украинской среде, где окончание заменили на местный лад. Но первичная румынская основа объясняет и звучание, и редкость написания логичнее.

Географически фамилия тяготеет к Молдове и приграничным районам Украины (Одесская, Черновицкая области), где молдавское население исторически велико. В России Чёркинэ почти не встречается — единичные носители, скорее всего, мигранты из тех краёв.

Словообразовательно фамилия проста: корень «чёркын-» (от румынского ciorchine) и окончание -э, которое в румынском языке является артиклем женского рода, но в фамилиях закрепилось как часть основы. Никаких русских суффиксов -ов, -ин, -ский здесь нет — это типичная для Восточной Европы модель, когда фамилия равна прозвищу без дополнительных формантов.

Если ваши предки — Чёркинэ, ищите корни в бессарабских селениях: там, скорее всего, жил человек, которого в округе знали как «гроздь» — за ремесло, внешность или характер.