Фамилия Черненьков — нечастая, но прозрачная по смыслу. Её основа — прилагательное «чёрненький», то есть уменьшительно-ласкательная форма от «чёрный». Вряд ли здесь речь о цвете волос или глаз: прозвище Чёрненький (или Черненький) на Руси чаще давали смуглому, темноволосому человеку, но могло оно относиться и к тому, кто носил тёмную одежду, работал с углём или сажей. Ласкательный суффикс -еньк- указывает, что прозвище было скорее бытовым, неофициальным — так могли называть ребёнка или подростка в семье, а потом это прозвище закрепилось за всем родом.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Черненьк-» добавили патронимический суффикс -ов, то есть «сын Черненького». В отличие, скажем, от фамилии Черняков (от «черняк») или Чернов (от прямого «чёрный»), Черненьков сохраняет именно уменьшительную форму — это редкий случай, когда в основе лежит не нейтральное, а эмоционально окрашенное прозвище. По той же модели образованы, например, фамилии Маленьков, Худеньков или Рыженьков — все они указывают на внешний признак, но в смягчённом, почти домашнем варианте.

Географически фамилия встречается разрозненно, без ярко выраженного «гнезда». В дореволюционных списках Черненьковы фиксировались в центральных и южных губерниях — Тульской, Рязанской, Курской. Это говорит о том, что род был крестьянским или мещанским: дворянские фамилии с таким «простым» корнем и суффиксом почти не встречаются. Сословный потолок здесь очевиден — предки Черненьковых, скорее всего, были крепостными или государственными крестьянами, а фамилию получили при переписях XIX века по прозвищу, которое уже носили в своей среде.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. В большинстве говоров оно падает на первый слог — Че́рненьков, но в некоторых регионах (особенно южнорусских) могли произносить Черненько́в. В письменных источниках XIX века встречаются оба варианта, что лишний раз подтверждает народное, не книжное происхождение фамилии: её не придумывал чиновник, а записывал со слов самого крестьянина.