Фамилия Чёрненьких — редкий пример фамилии, образованной не от прямого указания на цвет волос или кожи, а от уменьшительно-ласкательного прозвища. В основе лежит прилагательное «чёрненький» — так в русских деревнях могли называть смуглого ребёнка, темноволосого подростка или просто человека с тёмными глазами, но с оттенком нежности или снисходительности. Суффикс -еньк- вносит в прозвище именно этот смягчающий, «домашний» оттенок: не «чёрный», а «чёрненький», то есть свой, близкий, возможно, младший по возрасту или положению.

Сама модель на -их/-ых — одна из самых характерных для северных, сибирских и некоторых центральных регионов России (например, Вологодская, Архангельская, Вятская губернии). Такие фамилии отвечали на вопрос «чей?» или «чьи?»: Чёрненьких — из семьи Чёрненького. В быту это звучало как «Чёрненькие» — целый род, все домочадцы. Со временем окончание застыло в родительном падеже множественного числа, и фамилия перестала склоняться, что до сих пор путает носителей: правильно говорить «у Чёрненьких», «к Чёрненьким», а не «Чёрненьким» в дательном падеже.

Интересно, что фамилия Чёрненьких стоит в одном ряду с Беленьких, Рыженьких, Седеньких — все они образованы по той же ласкательной модели. Однако прозвище «Чёрненький» могло относиться не только к внешности. В некоторых говорах «чёрненьким» называли человека, который носил тёмную, траурную или просто невзрачную одежду, а иногда — того, кто работал с сажей или углём, но опять же с уменьшительным оттенком (например, молодой подмастерье у печи). Прямой связи с цыганским происхождением или инородцами здесь нет: фамилия чисто русская по словообразовательной модели.

В дореволюционных переписях фамилия Чёрненьких встречается в основном в среде государственных крестьян и мещан. Дворянской она не была — суффикс -их/-ых почти не встречается в высших сословиях, где предпочитали -ов/-ев или -ский. Сегодня фамилия остаётся редкой, и её носители, скорее всего, сосредоточены в тех же регионах, где она возникла: на севере европейской части России и в Зауралье. Встречается и вариант написания через «е» — Черненьких, но в исконной форме ударение падает на первый слог: Чёрненьких.