Фамилия Черноножкин имеет довольно интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших двухосновных русских фамилий, образованных от прозвищ. Фамилия Черноножкин образована от прозвища Черноножка, которое, в свою очередь, восходит к словам «черный» и «нога». Скорее всего, такое прозвище содержало указание на особенности внешнего вида предка (например, загорелые или грязные ноги). Фамилия Черноножкин относится к самому распространенному типу двухосновных фамилий, образованных от прозвища, состоящего из словосочетания, в котором существительному предшествует определяющее его прилагательное. Поскольку для русской морфологической традиции нетипично образование фамилии от словосочетания в том виде, в каком оно представлено, как это практикуется в менее морфологизированных языках, например, английском (Highfield), в русском языке такого типа прозвище для того, чтобы стать фамилией, должно морфологически слиться в одно слово и обрести фамильный суффикс. Однако, прежде чем стать фамилией, прозвище проходило стадию сложного прилагательного: Черноногий. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Черноногий, со временем получил фамилию Черноножкин.