Фамилия Черноперов — одна из тех, что сразу вызывает вопрос: при чём тут перо и чернота? Ответ лежит в профессии или, точнее, в прозвище. В основе фамилии лежит словосочетание «чёрное перо». В старину так могли называть человека, который занимался письмом, но не простым, а связанным с чернилами — писца, подьячего или переписчика книг. «Чёрное перо» — это не цвет птичьего пера, а испачканное чернилами орудие труда. Прозвище закреплялось за тем, кто постоянно возился с чернилами, и было скорее профессиональным, чем обидным.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к прозвищу Чернопер (или Чернопёрый), превратив его в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?». Буква «ё» в корне со временем почти всегда заменялась на «е» в написании, хотя в произношении ударение сохраняется на втором слоге — Чернопе́ров. Фамилия нередкая, но и не массовая, встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье.

Есть и другая, менее вероятная версия. В русских говорах «чернопёрым» могли называть птицу с тёмным оперением — например, глухаря или тетерева. В этом случае прозвище могло достаться охотнику или человеку, чем-то напоминавшему такую птицу (например, глуховатому или угрюмому). Однако первая версия — писарская — выглядит убедительнее. Она прямо указывает на род занятий, а фамилии, образованные от названий профессий, всегда были самыми распространёнными и устойчивыми.

Фамилия Черноперов не имеет отношения к дворянству или знатному происхождению. Её носители — это, скорее всего, люди служилые, грамотные для своего времени, но небогатые. В сословном отношении это типичная фамилия крестьян и мещан, получившая распространение после отмены крепостного права, когда прозвища окончательно закрепились как наследственные.