Фамилия Черноуховых — одна из тех, что построена по прозвищу, данному за внешнюю примету. Основа здесь прозрачна: «черное ухо». Но не спешите представлять человека с темным цветом ушной раковины. В старину прозвище Черноух могло относиться к кому угодно — от крестьянина с родинкой или шрамом на ухе до хозяина скотины с черным ухом (кличка могла перейти на владельца). В говорах «черноухий» иногда значило и «чернявый», «смуглый», так что прозвище не обязательно указывало именно на ухо.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов- присоединился к основе прозвища, и получилось «Черноухов» — буквально «сын Черноуха». Это патронимическая фамилия, которая закрепилась за потомками первого носителя прозвища. Встречается она в основном в центральных и северных регионах России, особенно на Урале и в Пермском крае — там фамилия фиксируется в переписных книгах XVIII–XIX веков. Выходцы из этих мест и разнесли её дальше.

Интересно, что фамилия Черноуховых не имеет отношения к татарским или тюркским корням, хотя «черное ухо» звучит как возможная калька с восточного прозвища. Русская ономастика (работы Б. Унбегауна, например) относит её к группе «цветовых» фамилий вроде Черноволосов, Белоусов, Рыжов. Отличие в том, что Черноуховых меньше — прозвище было более конкретным, менее распространённым, чем, скажем, Чернов (от «черный» без уточнения).

Двойственное написание — через «о» или «а» (Черноухов vs Чернаухов) — встречается в старых записях, но норма закрепилась за первым вариантом. В советское время фамилия не терялась, хотя и не стала массовой. Носители её — люди разных профессий, без выраженной сословной привязки: среди Черноуховых были и крестьяне, и мещане, и священники (в уральских церковных метриках попадаются). Так что если вы ищете свою родословную, стоит начать с уральских архивов — там шанс найти предков выше.