Фамилия Черноухова — женская форма от Черноухов, и её разумнее разбирать в мужском варианте, чтобы понять корень. Основа здесь прозрачна: «чёрный» и «ухо». В русской ономастике такие сложные фамилии с цветовым прилагательным и частью тела — не редкость (сравните Белоногов, Кривошеин, Долгоруков), но каждая из них хранит свою конкретную историю.

Словообразовательная модель проста: прозвище Черноух → суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?» — «Черноухов»). Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён. Прозвище же Черноух могли дать человеку с заметной приметой — тёмными, черноватыми ушами. Это могло быть следствием болезни, ожога, обморожения или просто особенностью внешности, которая бросалась в глаза окружающим и закреплялась как именование.

Впрочем, есть и другая, менее очевидная версия. В народной зоологии «черноухом» могли называть животное — например, зайца-русака с чёрными кончиками ушей или собаку с тёмными ушами. Прозвище такого рода могло перейти на человека по сходству: ловкого, быстрого, пугливого или просто обладателя длинных ушей. Но прямое описание внешности — более вероятный путь, потому что для русского быта характерны были именно «говорящие» прозвища, фиксирующие очевидный признак.

Фамилия Черноухов встречается в разных регионах, но заметный след оставила на Урале и в Сибири. В переписях XVII–XVIII веков, например, среди крестьян и служилых людей Вятской и Пермской губерний попадаются Черноуховы. Это указывает на то, что фамилия не была дворянской или аристократической — она бытовала в среде черносошных крестьян и посадских. Суффикс -ов закрепился в центральных и северных русских говорах раньше, чем на юге, где предпочитали -ин или -енко.

Однокоренные фамилии — Черноух, Черноухов, Черноухин — различаются суффиксами, но восходят к той же основе. Вариант Черноухин, например, образован по модели «чей?» с суффиксом -ин, что типично для прозвищ на -а/-я: Черноуха → Черноухин. Встречается реже, чем Черноухов, но подтверждает, что прозвище бытовало в разных диалектных зонах.

Сегодня фамилия Черноухова не слишком распространена, но сохраняет связь с конкретным, почти осязаемым образом: предок носителя явно выделялся среди соседей необычной чертой, которая закрепилась за ним и его потомками. Никакой тайны или сложной этимологии — просто меткое народное наблюдение.