Фамилия Чернтин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ев, здесь мы видим суффикс -ин, который в русской модели обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Чернтин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Чернта. Но что такое «Чернта»? Самая вероятная версия — это искажённая или диалектная форма от «черта». В северных и сибирских говорах, а также в просторечии, слово «чёрт» могло звучать как «чорт» или «чернт» из-за редукции гласных и особенностей произношения. Таким образом, прозвище Чернта (или Чернтя) могли дать озорному, хитрому или нелюдимому человеку, которого в шутку сравнивали с нечистой силой. В крестьянской среде такие прозвища были распространены и не несли мистического ужаса — скорее, бытовую характеристику.

Вторая, менее вероятная, версия отсылает к основе «черн-» (чёрный). Если предположить, что исходная форма была Чернтин из Чернятин или Чернтен, то корень мог указывать на тёмный цвет волос или смуглую кожу предка. Однако суффикс -ин при такой основе обычно даёт фамилию Чернин или Чернятин, а не Чернтин. Появление твёрдого «т» в середине слова — сильный аргумент в пользу прозвищного происхождения от «черта».

Географически фамилия Чернтин встречается крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье. В дореволюционных метрических книгах единичные записи попадаются в Тверской и Костромской губерниях. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилия не имеет дворянских или семинарских примет (окончания -ский или -цкий). В современной России фамилия остаётся малочисленной, её носители — потомки тех, кто получил прозвище за живой нрав или внешность.