Фамилия Черых — редкий образец «застывшей» формы родительного или предложного падежа множественного числа. В русской ономастике такие фамилии на -ых (Черных, Белых, Косых) типичны для северных и сибирских регионов, но вариант Черых встречается гораздо реже. Дело в том, что суффикс -ых обычно присоединяли к прилагательным, обозначавшим внешность или характер предка (черный — Черных), а основа Чер- здесь не прилагательное, а скорее усеченная форма прозвища или имени.

Правдоподобнее всего, что в основе лежит прозвище Черей или Черя. В диалектах русского языка «черя» могло означать «маленькая рыбка» (черея, черь — уклейка или верховодка), либо «черепок, осколок» — то есть нечто мелкое, неполноценное. Прозвище могли дать невысокому человеку или тому, кто занимался ловлей мелкой рыбы. Фамилия образовалась по модели «Черя → Черых» (чьих будешь? — Черых), то есть «из рода Чери».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем «чер» (земля, грязь) или с церковным именем Черный (калька греческого Мелас). Однако для фамилии с таким окончанием тюркская версия слаба: -ых — исконно русский патронимический суффикс, который редко накладывали на иноязычные основы.

Географически фамилия Черых встречается в основном в Архангельской области и Забайкалье — это типичные зоны бытования фамилий на -ых. В старых переписях XVII–XVIII веков можно найти крестьян Черых в Шенкурском уезде, но массового распространения фамилия не получила. Сословно предки, скорее всего, были черносошными крестьянами или казаками.

Отличительная черта фамилии — двойная редкость: необычная основа (не от прилагательного) плюс редкое окончание -ых, которое в современном русском языке воспринимается как несклоняемое. Поэтому Черых — это не «испорченное» Черных, а самостоятельная ономастическая единица, сохранившая архаичную грамматическую форму.