Фамилия Честюнин образована от прозвища или мирского имени Честюня. Основа — прилагательное «честный» или древнерусское слово «честь». Суффикс -юн(я) в русских прозвищах указывал на носителя качества: Честюня — «честный человек», тот, кто дорожит своей репутацией. Форма Честюнин — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Честюни. Модель с суффиксом -ин типична для фамилий, образованных от основ на -а/-я (Честюня → Честюнин), в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые крепились к основам на согласный.

Версия о происхождении от имени Честной или Честный (канонического святого с таким именем нет) маловероятна: православный именослов не знает подобного имени. Скорее всего, перед нами именно прозвище, а не крестильное имя. В говорах слово «честной» могло означать не только «почтенный», но и «честолюбивый», «дорожащий добрым именем», что тоже хорошо ложится на характер прозвища.

Географически фамилия Честюнин редкая. Основной ареал — северные и центральные области России, в частности бывшая Вятская губерния (современная Кировская область) и прилегающие территории. Вятка была регионом, где активно бытовали прозвищные фамилии на -ин, и где старообрядческая среда могла сохранять архаичные формы именования. Встречаются Честюнины также в Пермском крае и на Урале — следствие миграций крестьян в XVIII–XIX веках.

С точки зрения социальной истории, носитель фамилии Честюнин мог быть крестьянином или посадским человеком, получившим прозвище за безупречную репутацию в общине. В среде, где «честь» была не абстрактным понятием, а работающим механизмом доверия (торговля, суд, поручительство), такое прозвище было не комплиментом, а функциональной характеристикой. Позднее, при закреплении фамилий в XIX веке, прозвище перешло в наследственное родовое имя. Варианты написания (Честюнин, Чистюнин) встречаются редко и вызваны диалектным произношением: в некоторых говорах «е» и «и» в безударной позиции не различались.