Фамилия Чинчеков — редкая и, на первый взгляд, неочевидная по происхождению. В ней отчетливо выделяется тюркский след, что типично для южнорусских, волжских и сибирских фамилий, возникших в зоне контакта славянских и тюркских народов. Основа «чинчек» или «чинчи» восходит к тюркскому слову, которое в разных диалектах означает «щепетильный», «разборчивый», «аккуратный до мелочей» или даже «привередливый». В некоторых тюркских языках (например, в казахском и татарском) есть схожие корни со значением «мелкий», «тщательный» — отсюда и прозвище человека, который уделял излишнее внимание деталям или был требователен к порядку.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель адаптации: от прозвища Чинчек (или Чинчека) образовали фамилию по принципу «чей?» — Чинчеков, то есть «сын Чинчека». Важно, что исходное прозвище могло звучать и как Чинчек, и как Чинчека — в некоторых регионах, особенно у казаков, тюркские имена и прозвища нередко получали славянское окончание «-а». Сама фамилия встречается преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и среди уральских казаков — в местах, где веками жили рядом русские, башкиры, татары и казахи.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с искаженным именем Чингис (Чингиз). Однако для такого перехода нет фонетических оснований: «чинчек» и «чингис» звучат слишком по-разному, и в русских документах имя Чингис обычно передавали как Чингизов, а не Чинчеков. Поэтому версия с прозвищем от тюркского «чинчек» (щепетильный) выглядит убедительнее.

По сословной принадлежности носители фамилии Чинчеков, скорее всего, были крестьянами или казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что косвенно подтверждает её народное, прозвищное происхождение. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, но в метрических книгах XIX века Чинчековы встречаются среди однодворцев и казаков Оренбургского казачьего войска.