Фамилия Чипкун — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, образовано от профессионального или бытового действия, связанного с обработкой дерева. В основе лежит южнорусский или украинский диалектный глагол «чипкать» — строгать, щипать (лучину), делать зарубки. Соответственно, «чипкун» — это тот, кто занимается такой работой: столяр, плотник, лудильщик или просто человек, привыкший что-то подстругивать, чинить.

Модель образования фамилии — типично восточнославянская, с суффиксом -ун, который в украинском и русском языках активно использовался для создания прозвищ по характерному занятию (ср. бегун, крикун, плетун). Фамилия закрепилась в форме без патронимического суффикса -ов/-ев, что характерно для украинской ономастической традиции и для фамилий, возникших на территории современных западных и южных областей России. Встречается она преимущественно на юге Украины, в Молдове и в прилегающих регионах России (Краснодарский край, Ростовская область), что указывает на очаг расселения носителей.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с тюркским корнем «чип» (мелкий, крошка) или с названием птицы чибис (в некоторых говорах — «чипка»). Однако против этого говорит прозрачная славянская глагольная основа и отсутствие характерных тюркских суффиксов. Фамилия Чипкун — яркий пример того, как прозвище по ремеслу или привычке, закрепившись, пережило само занятие, став родовым именем.