Фамилия Чижаньков — редкий случай, когда прозвище сохранило двойную суффиксальную обработку. В её основе лежит птица чиж, но путь от прозвища до современной фамилии прошёл через два этапа, что и отличает её от массовых Чижовых или Чижиковых.

Сначала образовалось прозвище Чижань. Суффикс -ань (-ан) в русских прозвищах часто придавал оттенок просторечия или указывал на характерный признак: Чижань — «похожий на чижа», невысокий, юркий, либо щеголеватый (чиж — птица яркая). Такие формы фиксируются в новгородских и псковских говорах. Затем к прозвищу добавился притяжательный суффикс -ков (фонетический вариант -ов после мягкого согласного), и получилась фамилия Чижаньков — «сын Чижаня», «из рода Чижаня».

В отличие от обычных «птичьих» фамилий, где сразу присоединяли -ов (Чижов), здесь видна более сложная, двухступенчатая модель: сначала прозвищное имя на -ань, потом фамилия на -ков. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в своей округе именно как Чижань, а не просто как человек, похожий на чижа. Географически фамилия тяготеет к северо-западным областям России, где суффикс -ань в личных именах встречался чаще.

Первая часть фамилии — чиж — могла нести и пренебрежительный оттенок: чижом называли мелкого, незначительного человека. В социальном плане Чижаньковы, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

По написанию фамилия устойчива: мягкий знак перед -ков сохраняется, что для русских фамилий редкость (сравните с фамилиями типа Козаньков, Болдырьков). Это дополнительный аргумент в пользу того, что прозвище Чижань бытовало именно в такой форме и не успело перейти в более привычное Чижанов.