Фамилия Чоканова — женская форма фамилии Чоканов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что основа неочевидна на первый взгляд. В русской модели фамилий на -ов суффикс указывает на принадлежность («чей?» — Чоканов), а корень скрывает либо тюркское имя, либо прозвище.

Самая прямая версия — от тюркского мужского имени Чокан. В казахском и других тюркских языках имя Чокан (иногда Шокан) означает «сокол» или «ловчий сокол», а также может быть уменьшительной формой от имени Шоқан, связанного со словом «шоқ» — «искра», «огонь». Это имя известно благодаря казахскому учёному и просветителю Чокану Валиханову (настоящее имя — Мухаммед-Канафия, но Чокан — его детское прозвище, ставшее литературным псевдонимом). В русском языке фамилии на -ов от тюркских имён — обычное дело: так сына Чокана называли Чоканов, а дочь или жену — Чоканова.

Сложность в том, что у фамилии есть омонимичный, но редкий вариант происхождения: от глагола «чокать» (ударять, звенеть) или от слова «чокан» — так в некоторых говорах называли чурбан, обрубок дерева. Эти версии слабее, потому что фамилии от действий с суффиксом -ан часто давали людям по характерному поведению (например, «крикун»), но «чокан» в значении «тот, кто чокается» звучит натянуто, а прозвище по «чурбану» могло бы дать форму Чоканов, но не закрепилось в массовой ономастике. Поэтому тюркский корень — основной.

Географически фамилия Чоканов/Чоканова чаще встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где исторически плотно пересекались русские и тюркские народы (татары, башкиры, казахи). Встречаемость невысокая: фамилия не входит в списки самых распространённых, но её носители есть и в России, и в Казахстане. В русской среде она могла возникнуть из-за крещения тюрка или из-за того, что русские соседи прозвали человека по его тюркскому имени — «Чокан», а затем закрепили фамилию за потомками.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Чокáнова, хотя в разговорной речи можно услышать и Чóканова — это зависит от местного говора и привычек семьи. Разница принципиальна: если ударение на первый слог, фамилия ближе к глагольному корню, но ономастические словари фиксируют вариант с ударением на «а» как основной для фамилий тюркского происхождения.