Фамилия Чубаркина — женская форма от Чубаркин. В русской традиции такие фамилии обычно заканчиваются на -ин, если основа мужской фамилии оканчивается на -а или -я. В данном случае основа — Чубарка. Это уменьшительно-пренебрежительная форма от прозвища Чубар, которое, в свою очередь, родственно слову «чубар» — так в южных и центральных говорах называли рябого, пегого, пятнистого человека или животного. Слово «чубар» напрямую связано с «чубарый» — масть лошади (тёмные пятна на светлой шерсти) или, переносно, внешность человека с заметными родинками, веснушками или шрамами.

По сути, Чубар — это прозвище по внешнему признаку. В XV–XVII веках такие прозвища были распространены повсеместно, не считались обидными и легко переходили в фамилии. Суффикс -кин в варианте Чубаркин встречается реже, чем стандартное -ов (Чубаров), но он характерен для северных и части центральных регионов России, где активно использовалась модель на -ин/-кин. Чубарка — не столько имя, сколько бытовая форма обращения к человеку с прозвищем Чубар, что-то вроде «Чубарыч» или «Чубаришка».

В ономастических словарях фамилия Чубаркин не частотна, и её сложно спутать с однокоренными Чубаров, Чубарев, Чубаев. Сравнение с ними показывает, что Чубаркин — более «домашняя», патронимическая форма, которая могла закрепиться в крестьянской среде, где отчество или прозвище отца (Чубарка) давало фамилию детям. В документах XVII века встречаются упоминания крестьян и посадских Чубаровых, но Чубаркины — редкий вариант, что делает фамилию ценной для локальной генеалогии: её носители, скорее всего, происходят из одного компактного рода в определённой местности, вероятно, на севере или северо-востоке России.