Фамилия Чубарка — редкий случай, когда географическая привязка оказывается сильнее прозвищной этимологии. Скорее всего, перед нами не отчество и не прозвище, а выходец из конкретного места: украинского села Чубарка в Запорожской области или одноимённого хутора на Кубани. В таком случае фамилия образована по топонимической модели: название села плюс суффикс -к(а), который в украинской и южнорусской традиции часто указывал на происхождение — «человек из Чубарки». Носитель фамилии — потомок переселенца, записанного по месту выхода.

Если же отталкиваться от основы «чубар-», то здесь два возможных корня. Первый — диалектное «чубар» или «чубарь»: так в южных говорах называли пегого, пятнистого быка или коня (сравните с украинским «чубарий» — рябой, пёстрый). Прозвище Чубар мог получить человек с необычной внешностью, например веснушчатый или седой вперемешку. Второй вариант — связь с «чубом»: чубатый, то есть носящий чуб, длинную прядь волос. В украинской среде такое прозвище было особенно распространено среди запорожских казаков, которые брили голову, оставляя оселедец.

Суффикс -к(а) в фамилии нестандартен для русского ареала. Обычно фамилии на -ка (Мельниченко, Шевченко) характерны для Украины, но там они имеют значение «маленький, сын такого-то». Чубарка же не укладывается в эту модель: нет мужского имени Чубарь, от которого можно образовать уменьшительное. Поэтому топонимическая версия выглядит убедительнее. Фамилия могла закрепиться за переселенцами из села Чубарка, которые при переписи получали прозвание по родному месту.

Встречается фамилия в основном на юге России и востоке Украины — в Ростовской области, Краснодарском крае, Днепропетровской и Запорожской областях. Это подтверждает её локальный характер. В центральных и северных регионах она практически не фиксируется, что исключает случайное совпадение с прозвищем из другого диалекта.

Сословно фамилия не несёт однозначной информации. Носители могли быть как казаками (учитывая связь с Запорожьем и Кубанью), так и государственными крестьянами. В дворянских родословных книгах Чубарки не значатся. Фамилия не перешла в разряд «книжных» и осталась в народной среде, что типично для поздних топонимических образований конца XVIII — XIX века.