Фамилия Чубарков довольно прозрачна по происхождению, хотя её основа и даёт простор для двух версий. В центре — слово «чубар» или, что вероятнее, прилагательное «чубарый». Чубарым на Руси называли коня или другого животного с тёмными пятнами на светлой шерсти, то есть пегого, рябого. Так что первый и самый прямой смысл прозвища Чубар — человек с рябым лицом, со следами оспы, или просто обладатель пёстрой, неоднородной внешности.

Вторая версия отталкивается от слова «чуб» — прядь волос, хохол. В этом случае Чубаром могли прозвать того, кто носил длинный чуб, отпускал хохол или иначе выделялся причёской. Слово «чубар» в значении «чубатый человек» фиксируется в говорах, но встречается реже, чем «чубар» в значении «рябой». Поэтому версия с пятнистым окрасом выглядит надёжнее — она подтверждается и моделью: в русских фамилиях прилагательное «чубарый» закономерно дало прозвище Чубар, а от него через суффикс -ок (уменьшительно-ласкательный или указывающий на сына) — Чубарок. Суффикс -ов добавил окончательную форму: Чубарков — буквально «сын Чубарка», то есть потомок человека с прозвищем Чубар.

Фамилия относится к типичным «патронимическим» на -ов, самым массовым в русском ономастиконе. По географии она не привязана к одной местности — встречается и в центральных областях, и на юге России, и в Поволжье. В ревизских сказках и переписях XIX века Чубарковы фигурируют как крестьяне и мещане, что неудивительно: прозвище по внешнему признаку не указывало на высокое сословие. Среди однокоренных фамилий — Чубаров, Чубарев, Чубарин, Чубатый, но Чубарков стоит особняком благодаря двойному суффиксу -ок-ов, который часто встречается у фамилий, образованных от прозвищ на -ок (ср. Козловок → Козловков, Пятачок → Пятачков). Эта деталь делает фамилию не просто «сыном Чубара», а «сыном Чубарка», то есть потомком уже второго поколения носителя прозвища.