Фамилия Чубаркаев — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней слышится что-то тюркское или восточное, но при детальном разборе выясняется, что основа, скорее всего, исконно русская, а фамильная модель — типично русская, хотя и с необычным суффиксом.

Ключ к разгадке — корень «чубар-». В русских говорах слово «чубар» или «чубарка» означало пёстрое, рябое пятно, а также животное с такой мастью (например, лошадь или корову). «Чубарый» — это пёстрый, в мелких крапинках. Поэтому прозвище Чубар или Чубарка давали человеку с заметной рябиной на лице, с веснушками или просто с пёстрыми, неровными волосами. В этом же ряду стоят фамилии Чубаров, Чубарев, Чубариков.

Сложность вызывает суффикс «-каев». Обычно такие фамилии образуются от тюркских имён с окончанием «-кай» (например, Чубакай → Чубакаев). Но здесь, скорее всего, произошло наложение. Сначала от прозвища Чубар образовали уменьшительную форму Чубарка (как «рубаха» — «рубашка»). Затем к этой основе добавили типичный русский патронимический суффикс «-ев»: Чубарка + ев = Чубаркаев. Таким образом, фамилия буквально значит «сын Чубарки» или «потомок Чубарки».

Встречается такой тип фамилий в основном в центральных и южных областях России, где были сильны диалекты с «аканьем» и где слово «чубар» было в ходу. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и однодворцев с фамилией Чубарков, Чубаров — Чубаркаев, вероятно, более поздняя и редкая ветвь того же корня. Никакой знатной родословной за ней не прослеживается — перед нами типичное прозвище по внешнему признаку, которое закрепилось в крестьянской или мещанской среде.