Фамилия Чучунова — женская форма фамилии Чучунов, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. В отличие от многих фамилий на -ов, которые восходят к крестильным именам (Иван — Иванов), Чучунов явно имеет в основе прозвищное слово, и это ставит перед нами несколько версий.

Наиболее вероятная основа — диалектное слово «чучун» или «чучуня». В русских говорах, особенно в северных и сибирских регионах, «чучуней» могли называть неряшливого, неопрятного человека, замарашку. Слово звукоподражательное, возможно, связанное с детской речью или с глаголом «чучить» — пачкать, марать. Если это так, то фамилия Чучунов изначально была прозвищем, которое дали человеку за небрежный внешний вид или нечистоплотность. Подобные «обидные» прозвища в старину были обычным делом и часто становились фамилиями, не неся уже оскорбительного смысла для потомков.

Есть и другая, более редкая версия. В некоторых тюркских языках существует слово «чучун» со значением «слабый», «хилый» или «маленький». Учитывая, что фамилия могла возникнуть в зонах активного русско-тюркского контакта (например, в Поволжье или на Урале), нельзя исключать, что прозвище Чучун дали человеку небольшого роста или слабого здоровья. Однако эта гипотеза менее популярна у ономастов, так как для русской фамилии более характерна внутренняя, славянская мотивация.

С точки зрения словообразования, всё просто: к основе «Чучун» добавился стандартный патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Чучунов, то есть сын Чучуна). Фамилия довольно редкая, не входит в число распространённых. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает версию о севернорусских говорах как о родине прозвища. География фамилии узкая, и её носители, скорее всего, имеют общего предка, получившего это прозвище несколько столетий назад.