Фамилия Чунгина — женская форма фамилии Чунгин, и её ключ к разгадке лежит в суффиксе -ин. Эта модель в русских фамилиях указывает на принадлежность: Чунгин — это «сын Чунги» или «человек из рода Чунги». Основа, Чунга, скорее всего, была прозвищем, а не крестильным именем.

Прозвище Чунга могло возникнуть из нескольких источников. Самый прямой — от глагола «чункать» или «чундырить», которые в некоторых говорах означали «чавкать», «сопеть» или «тяжело дышать». Тогда Чунгой называли человека с такой манерой поведения. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «чунка» — так в ряде регионов (особенно на Урале и в Сибири) называли лодку-долблёнку или челн. Прозвище мог получить лодочник, рыбак или тот, кто делал такие лодки.

Есть и тюркская версия, которую стоит упомянуть из-за характерного звучания основы. В татарском и башкирском языках слово «чун» или «чунгы» могло означать «глубокий» или «погружённый», а также быть вариантом имени Чунга (уменьшительное от Чунгар или Чунак). В этом случае фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или башкир, перешедших в православие, где тюркское прозвище оформили русским суффиксом -ин.

Географически фамилия Чунгина редкая, её следы встречаются в основном в центральных областях России и в Поволжье, что косвенно поддерживает и тюркскую версию происхождения. Что касается сословной принадлежности, то носители фамилии, как правило, были крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.