Фамилия Чупекин — редкий пример, где прозвищная основа почти полностью вытеснила память о крестильном имени. В её центре лежит прозвище Чупека, а оно, скорее всего, восходит к тюркскому «чупек» — «сор, мусор, отбросы». В русских говорах слово закрепилось в переносном смысле: так могли назвать неопрятного человека, неряху или, наоборот, того, кто занимался чисткой, уборкой, перебирал отходы. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «чуп» — «чуб, хохол»: тогда Чупека — человек с заметным, торчащим чубом.

Суффикс -ин указывает на типичную восточнославянскую модель: «чей?» — Чупекин, то есть сын или потомок Чупеки. Фамилия не попала в число дворянских и не встречается в старых боярских списках — её носителями были крестьяне и посадские люди, скорее всего, из южнорусских регионов или Поволжья, где тюркские заимствования в бытовой лексике особенно часты.

По сравнению с однокоренными фамилиями вроде Чупов или Чупанов, Чупекин сохранила более архаичную форму прозвища с суффиксом -ек-/-к-, который в русской антропонимии часто придавал слову оттенок уменьшительности или пренебрежения. Географически фамилия сегодня встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда — это указывает, что родословная не прерывалась, но и не дала множества ветвей. В словарях русских фамилий Чупекин не упоминается, что подтверждает её локальный, нестоличный характер.