Фамилия Чушенко звучит на украинский лад, и это первая зацепка. Суффикс -енко — типичный для восточной и центральной Украины, он указывает на происхождение от отца или прозвища по принципу «чей?»: Чухно → Чухненко, Чушка → Чушенко. По сути, это уменьшительно-патронимическая модель, которая закрепилась как фамилия в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне массово обзаводились наследственными родовыми именами.

Основа фамилии — «чуш-». Тут возможны два объяснения, и оба не связаны с современным словом «чушь» (в значении «ерунда»), которое появилось в языке позже. Первое: прозвище Чушка или Чуша могли дать человеку, который держал свиней или имел с ними сходство в поведении — в южнорусских и украинских говорах «чуша» означает свинью. Второе, менее очевидное: основа могла произойти от личного имени Чухно (через чередование х/ш), которое восходит к крестильному имени Феодосий или Фёдор в народной переделке. Тогда Чушенко — это «внук Чуха», то есть Фёдора.

Если принять первую версию, то предок носителя фамилии был, скорее всего, крестьянином или казаком, занимавшимся свиноводством, либо получил прозвище за неопрятность или упрямство — черты, которые в народе связывали со свиньёй. В любом случае, фамилия не дворянская: суффикс -енко почти не встречается у родовитого боярства, а характерен для свободного сельского населения и казачества Левобережной Украины.

Географически фамилия Чушенко чаще всего встречается в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также в прилегающих районах России (Белгородская, Курская области). Это зона расселения украинского этноса, где модель на -енко была доминирующей. Встречаются и варианты написания — Чушенко, Чушенко, но основной остаётся с буквой «ё» в суффиксе, хотя в документах XIX века её часто заменяли на «е».

С точки зрения словообразования, фамилия не сложная: корень чуш- + суффикс -енко. Ударение, как правило, падает на второй слог: Чуше́нко. В отличие от фамилий на -ов или -ин, она не склоняется по падежам в мужском роде, что тоже типично для украинских фамилий. Если сравнивать с однокоренными, то к той же основе восходят Чушкин, Чушков, Чушенков — но последняя уже русская переделка с добавлением суффикса -ов.