Фамилия Чужинин образована от прозвища или нецерковного имени Чужина, а то, в свою очередь, — от прилагательного «чужой». В древнерусском языке «чужиной» называли не родственника, постороннего человека, пришельца или даже подкидыша. Так могли прозвать ребёнка, который воспитывался в чужой семье, или человека, переселившегося из других земель. В некоторых говорах слово «чужой» имело и более конкретный оттенок — «не свой, не местный», поэтому прозвище часто закреплялось за пришлым крестьянином или новым поселенцем.

Модель фамилии типична для северных и центральных регионов России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Чужинин, то есть сын Чужины). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, -ин характерен для основ, оканчивающихся на -а, -я. Здесь исходная форма — Чужина, что подтверждает личное, а не географическое происхождение фамилии.

Стоит отметить, что фамилия редкая и почти не встречается за пределами России. В дореволюционных переписях Чужинины фиксировались преимущественно в Вятской и Костромской губерниях — регионах, куда в XVI–XVII веках активно переселялись крестьяне из центральных уездов. Возможно, прозвище Чужина давали именно таким переселенцам, чтобы отличать их от коренных жителей. Связь с каким-либо конкретным ремеслом или сословием не прослеживается: Чужинины — в основном крестьянский род.

С точки зрения ударения, в фамилии оно падает на второй слог — Чужи́нин, хотя в разговорной речи иногда смещается на первый (Чу́жинин). Первый вариант считается литературным и соответствует правилам русского словообразования: суффикс -ин обычно перетягивает ударение на себя, если основа односложная.