Фамилия Чужиненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала главным маркером «казацкого» происхождения. Суффикс -енко буквально означал «сын» или «потомок», так что Чужиненко — это «сын Чужина» или, шире, «человек из рода Чужиных». Вся фамилия держится на основе Чужин-, которая восходит к прозвищу Чужий.

Слово «чужой» в древнерусском языке имело значение «не свой», «иной», «посторонний». Прозвище Чужий могли дать человеку, который пришёл со стороны — переселенцу, беглецу, купцу-чужеземцу или тому, кто держался особняком, не вписывался в общину. В славянской среде такие прозвища были нередки: они фиксировали социальное положение или характер человека. От прозвища Чужий образовалась патронимическая форма Чужин — «тот, кто относится к Чужому», а от неё — Чужиненко.

Географически фамилия Чужиненко тяготеет к левобережной Украине и южным регионам России, куда шла миграция казачества. В современных базах данных она встречается редко — это нетипичная, не «массовая» фамилия. Её редкость говорит о том, что родоначальник получил прозвище по действительно заметной черте: возможно, он был единственным чужестранцем в селе или его предки сменили место жительства настолько кардинально, что память об этом закрепилась в прозвище.

Интересно, что фамилия Чужиненко не имеет «двойников» с другими суффиксами вроде Чужинов или Чужинский — это указывает на локальное, а не общерусское происхождение. В отличие от фамилий на -ов, которые в России часто получали крестьяне после отмены крепостного права, форма на -енко сохраняет связь с казачьей средой и, вероятно, с вольными людьми, для которых «чужой» был не клеймом, а описанием происхождения.