Фамилия Даутен — редкий пример фамилии, которая не вписывается в привычные русские модели на -ов, -ин или -ский. Её основа, скорее всего, восходит к имени Даут — варианту арабского имени Дауд (библейский Давид). В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) имя Даут распространено как народная форма: звук «д» в конце мог заменяться на «т», а ударение падать на первый слог.

Фамилию Даутен могли образовать двумя путями. Первый — через суффикс -ен, который в русской ономастике встречается редко, но возможен как адаптация тюркского притяжательного аффикса (например, «Даутен» — «принадлежащий Дауту»). Второй — через русское окончание -ин, которое в некоторых диалектах и при записи фамилий в XIX веке могли записать как -ен из-за особенностей произношения или почерка писаря. В таком случае исходная форма могла быть Даутин, но со временем закрепилась как Даутен.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татаро-башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также к северо-западу Казахстана, где в XIX веке проводилась русификация фамилий кочевников. Предок-носитель фамилии мог быть крещёным татарином или башкиром, которому при записи в метрическую книгу дали фамилию по отцу — то есть по имени Даут.

Интересная деталь: в отличие от массовых фамилий на -ов, Даутен сохранила исходную тюркскую огласовку без наращения «-ов». Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде, где русская административная машина не настаивала на стандартизации, либо её носители долгое время жили в смешанных этнических общинах. Сегодня фамилия встречается единично, что делает её ценной для генеалогического поиска — по ней можно проследить миграцию конкретной семьи, а не целого сословия.