Фамилия Дайнекина — женская форма фамилии Дайнекин, и в её основе лежит прозвище, связанное с военным делом. Корень здесь — «дайн-», который восходит к слову «дайна» или «дайнека». В белорусском и украинском языках «дайнека» (или «дейнека») — это казак с длинным ружьём, а также вообще вооружённый пеший человек. В словарях зафиксировано: дейнека — «казак, вооружённый ружьём» (от тюркского «дайна» — ружьё, что через польское посредство вошло в восточнославянские говоры). Таким образом, первый носитель прозвища Дайнека — скорее всего, человек, имевший отношение к казачьему сословию или к вооружённой страже, возможно, стрелец или реестровый казак.

Суффикс «-ин» в фамилии Дайнекин указывает на принадлежность: «чей?» — Дайнекин, то есть сын или потомок Дайнеки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Интересно, что в отличие от более частотной фамилии Дейнекин (с буквой «е» в корне), вариант с «а» — Дайнекин — встречается реже и может указывать на особый говор или диалектное произношение. В некоторых регионах, особенно на юге России и в Беларуси, звук «е» после твёрдых согласных переходил в «а», и фамилия могла писаться так, как слышалась.

Географически фамилия Дайнекина не имеет широкого распространения. Она локализована в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси, что подтверждает её связь с казачьей и крестьянской средой. В дореволюционных метрических книгах Дайнекины встречаются среди мещан и государственных крестьян, но не в дворянских родословных — это указывает на простонародное происхождение. Примечательно, что в некоторых списках фамилия могла записываться как Дайнекова, если переписчик путал суффиксы, но исходная форма именно с «-ин», так как основа оканчивается на «а».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Дейнекин, Дейнека, Дайнеко, — то Дайнекина стоит особняком из-за спорного написания. Филологи спорят, считать ли «а» в корне диалектным искажением или следствием влияния украинского произношения, где «дейнека» звучит мягче. Однако правдоподобнее всего, что фамилия закрепилась в той форме, в которой её произносили в конкретной местности: там, где говорили «дайнека», а не «дейнека». Так что предки современных Дайнекиных могли быть либо казаками с ружьями, либо людьми, получившими прозвище за воинственный нрав или службу в охране.