Фамилия Дайненко — украинская по происхождению, что выдает суффикс -енко. В XVI–XVIII веках этот суффикс был главным маркером украинской фамилии, обозначая потомка или человека, связанного с тем, кто назван в корне. В основе фамилии лежит имя или прозвище Дайна.

Корень «Дайн-» может восходить к нескольким источникам. Самый вероятный — это разговорная форма крестильного имени Даниил. В украинском языке имя Даниил сокращалось до Дайно, Дайна, как и многие другие имена (Михайло — в Майно, Гаврило — в Гавриш). Тогда Дайненко означает «потомок Дайны», то есть внук или сын человека по имени Дайна (Даниил).

Есть и вторая версия, менее распространенная: связь с польским словом dajny (дательный, щедрый) или литовским daimena (песня). Для украинской фамилии это маловероятно, так как суффикс -енко редко присоединяют к заимствованным нарицательным словам. Польское влияние могло сказаться лишь в том, что имя Даниил в некоторых регионах Украины (особенно на западе) произносили как «Даніель», что давало формы Даньо, Дайно.

Географически фамилия Дайненко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев в России и Беларуси. Сословно носители фамилии относились к казачеству или крестьянству: в реестрах Войска Запорожского встречаются прозвища вроде Дайно, Дайна, которые затем закреплялись как фамилии. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Дайненко — типичная украинская фамилия, возникшая от сокращенной формы имени Даниил. Предки носителя, скорее всего, были запорожскими казаками или крестьянами, а сама фамилия сформировалась не позднее XVII века.