Фамилия Дефер — редкий для России случай, когда иностранная основа закрепилась в русской среде без типичных для неё суффиксов. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ев, -ин, эта фамилия сохранила «голый» корень, что сразу указывает на её нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из Западной Европы, и её носители в России — потомки иностранцев, переселившихся в страну в XVIII–XIX веках.

Самая вероятная версия — французское происхождение. Во французском языке слово «défer» (от глагола déferrer) означает «расковывать», «снимать подковы» или, в переносном смысле, «освобождать». Прозвище Défer мог получить кузнец или коновал, занимавшийся снятием подков, либо человек, получивший свободу (например, отпущенный на волю крепостной). В русских документах французская фамилия часто записывалась на слух, без изменений — так и появился Дефер. Альтернативная, но менее убедительная гипотеза связывает фамилию с немецким Defer, которое могло возникнуть как вариант написания фамилии Dever или Tefer, но чёткой этимологии здесь нет.

В России фамилия Дефер встречается крайне редко. Основные очаги её бытования — крупные города (Москва, Санкт-Петербург), куда традиционно приезжали иностранные специалисты, а также регионы, связанные с немецкими колониями Поволжья (если допускать немецкий след). Поскольку фамилия не получила русского суффикса, её носители, вероятно, долго сохраняли обособленность и не смешивались с крестьянским населением. Сословно это могли быть обрусевшие дворяне, купцы или специалисты (инженеры, врачи, ремесленники).

Интересная деталь: фамилия Дефер не склоняется по падежам, как и многие заимствованные фамилии на согласный, если принадлежит женщине (у Анны Дефер), но в мужском варианте (Иван Дефер) в разговорной речи иногда склоняется, хотя литературная норма рекомендует оставлять её неизменной. Вам стоит проверить семейные архивы на предмет французских или немецких корней — именно там, а не в русских крестьянских метриках, лежит ключ к происхождению этой фамилии.