Фамилия Депер — редкий для России случай, когда иноязычная основа сохранилась почти без изменений. В отличие от большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ин или -ский, Депер стоит особняком: это чистая основа, без адаптации к славянской модели. Корень фамилии, скорее всего, французский или фламандский.

Наиболее вероятное объяснение — от французского «de père» («от отца», «по отцу») или от «d’Épère» (топоним, название местности). В первом случае фамилия могла быть прозвищем человека, которого называли по отцу в отличие от других родственников. Во втором — указывать на выходца из конкретного селения. Встречается и версия, что Депер — это русифицированная форма нидерландской фамилии De Peer (от «peer» — «груша» или «сверстник»), но она менее убедительна, так как подобные переселения в Россию были единичными.

В России фамилия Депер встречается крайне редко, в основном в крупных городах и среди потомков обрусевших иностранцев. В XVIII–XIX веках такую фамилию могли получить выходцы из Франции, Швейцарии или Бельгии, поселившиеся в Российской империи — гувернёры, ремесленники, военные. Склоняемость фамилии подчиняется общим правилам: мужская версия склоняется (Депера, Деперам), женская — нет.

Словообразовательная модель здесь — нулевая: фамилия не получила русского суффикса, а вошла в обиход в первоначальном виде. Это отличает её от, скажем, фамилии Депюи (от «du puits»), которая тоже могла сохраниться без изменений. Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая параллель — фамилия Перов, но та уже образована от русского имени Пётр, а не от французского père.

Таким образом, фамилия Депер — это прямое свидетельство иностранных корней предка, без попытки «обрусеть» через суффикс. Она говорит о том, что носитель, скорее всего, происходил из семьи, сохранявшей западноевропейскую идентичность вплоть до момента фиксации фамилии в документах.