Фамилия Денисено — один из примеров того, как фамильная модель может рассказать о регионе происхождения точнее, чем о значении корня. Внешне она похожа на украинские фамилии на -енко (Денисенко), но усечённая форма на -ено указывает на юго-западные русские земли, в первую очередь на Брянщину, Смоленщину и соседние районы Беларуси. В этих местах «енко» через аканье и местные говоры превращалось в «ено»: так Денисенко становилось Денисено, а Иващенко — Иващено. Это не ошибка записи, а живая диалектная черта, закреплённая в документах.

Основа фамилии — крестильное имя Денис (церковное Дионисий, от греческого Дионисос — бог виноделия и веселья). В народной среде имя было чрезвычайно популярно, поэтому фамилии от него встречаются повсеместно: Денисов, Денисенко, Денисьев. Денисено — патроним, то есть «сын Дениса». Суффикс -ен(о) указывает на прямое родство, в отличие, скажем, от притяжательного суффикса -ов, который мог означать принадлежность («Денисов работник»).

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах суффикс -ено мог присоединяться к прозвищам, образованным от названий животных или предметов. Но для имени Денис эта версия избыточна: имя даёт прямое и очевидное объяснение, а прозвищное «Денис» в качестве основы — редкость. Поэтому основная гипотеза — патроним от крестильного имени.

Сословно фамилия Денисено не была элитарной. В XIX веке её носители — в основном крестьяне и мещане западных губерний. Дворянских родов с таким окончанием почти не встречается: дворянство предпочитало формы на -ов или -ский. Зато в метрических книгах Брянского, Рославльского, Мглинского уездов эта фамилия фиксируется с конца XVIII века.

Интересно, что в современной переписи фамилия Денисено встречается редко и сконцентрирована именно в Брянской области и на юге Смоленщины. Это делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если предки носили такую фамилию, искать их стоит не в Киеве или Москве, а в конкретных сёлах на границе России и Беларуси.