Фамилия Десна — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя или профессия, а гидроним, то есть название реки. Река Десна — крупнейший левый приток Днепра, её исток находится на Смоленской возвышенности, а русло проходит по Смоленской и Брянской областям России, а также по Черниговской и Киевской областям Украины. С древних времён Десна служила важным транспортным путём, соединяя Киевщину с бассейнами Дона и Оки.

Сам гидроним, по наиболее распространённой версии, образован от древнеславянского слова «деснъ» — «правый». Парадокс в том, что сейчас Десна — левый приток, но понятия правой и левой сторон по отношению к рекам в древности могли меняться в зависимости от точки отсчёта. Поэтому название «Десна» закрепилось за реками, которые в разные эпохи считались «правыми» притоками. Кроме главной реки, существует ещё несколько небольших рек и населённых пунктов с таким же названием: река Десна на Украине (приток Южного Буга), река в Московской области (приток Пахры), а также посёлки Десна в Московской и Винницкой областях.

Фамилия Десна — безсуффиксальная, то есть образована напрямую от географического названия без добавления типичных фамильных окончаний вроде -ов или -ин. Такая модель встречается реже, чем патронимические фамилии, и указывает на то, что предок, скорее всего, получил прозвище по месту жительства. Вероятно, основатель рода родился или жил на берегу одной из этих рек либо в одноимённом селе. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне, фамилия Десна в чистом виде могла закрепиться за крестьянином или казаком, чья жизнь была тесно связана с рекой.