Фамилия Диганьшин — один из тех редких случаев, где корень почти наверняка тюркский, а суффикс — русский. Основа «Диган» или «Дигань» восходит к тюркскому слову «диган» (или «дихан»), что в переводе с татарского, башкирского и ряда других языков означает «крестьянин», «земледелец», «хлебороб». В дореволюционной России так называли оседлых крестьян в противовес кочевникам, особенно в Поволжье и Приуралье.

Суффикс «-шин» — вариант притяжательного суффикса «-ин» с наращением «-ш-». В русских фамилиях такая модель встречается редко, но она характерна для фамилий, образованных от прозвищ или имен с конечным «-ш» (например, Фомин — Фоминшин, но здесь основа другая). В случае с Диганьшиным, скорее всего, исходная форма — Диганьша: уменьшительное или ласкательное имя от «Диган». То есть фамилия буквально означает «сын Диганьши» или «принадлежащий Диганьше».

Вероятно, предок носителя фамилии был крестьянином-земледельцем, получившим прозвище по роду занятий. В тюркской среде такие прозвища часто становились фамилиями, когда крестьяне получали паспорта или записывались в ревизские сказки. Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и Оренбургской области — именно там встречаются носители с подобной основой.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским именем Диган (Диган) через иранское посредничество, но в контексте русских фамилий это выглядит натяжкой. Основная версия — прозвище по труду, что делает фамилию «говорящей»: она прямо указывает на социальное положение и занятие предка.