Фамилия Додоенко — яркий пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели от прозвища. Её основа «Додой» или «Додоя» звучит необычно, но за ней стоит вполне конкретное значение.

Суффикс «-енко» — типичный для украинских фамилий, означающий «маленький», «сын» или «потомок». То есть Додоенко — это «сын Додоя». Такие фамилии в массе своей закрепились в XVI–XVIII веках, особенно на Левобережной Украине и Слобожанщине.

Что касается корня, то наиболее вероятная версия связывает его с диалектным украинским словом «додою» (или «додоєю») — так называли человека, который постоянно надоедает, пристаёт, донимает просьбами или вопросами. Глагол «додоїти» означал «донимать», «досаждать». Таким образом, Додой — это прозвище надоедливого, навязчивого человека. Прозвища подобного рода (по поведению) в народе давали легко и без злого умысла, часто по одной яркой черте.

Менее вероятна, но возможна связь с личным именем Додон (производное от Дорофей или Феодор), где «Додой» — народная форма. Однако для украинской традиции прозвищный путь правдоподобнее: фамилии на «-енко» редко образовывали от полных канонических имён, чаще — от уличных прозвищ.

С географической точки зрения фамилия Додоенко распространена в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Краснодарском крае и Ростовской области. В России она встречается, но редко, и почти всегда указывает на украинские корни рода.

Дворянского происхождения у этой фамилии нет: она принадлежала крестьянам, казакам, мещанам — тем слоям, где фамилии по прозвищам были нормой. Никаких громких исторических деятелей с такой фамилией не зафиксировано, что типично для массовой украинской фамилии, не попавшей в родословные книги.