Фамилия Докторин построена по классической русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Докторин», то есть сын или потомок Доктора. В основе лежит прозвище Доктор, а вот кем был этот человек — вопрос, на который есть две версии, и обе по-своему убедительны.

Первая, самая очевидная: прозвище Доктор получил потомственный лекарь. В русских деревнях и городах знахарей и врачевателей могли назвать «доктором» в знак уважения или просто как профессиональное прозвище, которое затем закрепилось в фамилии. Вторая версия связана с духовными училищами и семинариями. Там фамилии нередко давали искусственно, по латинским или греческим корням, и Докторин мог получить семинарист за блестящие успехи в учёбе. «Доктор» — высшая учёная степень, и такое прозвище в стенах семинарии звучало как похвала или даже шутка, но со временем стало официальной фамилией.

В пользу семинарской версии говорит то, что слово «доктор» (от латинского doctor — «учитель») в повседневной речи простых крестьян и горожан практически не употреблялось. В быту лекарей чаще называли «лечцами» или «врачами», а «доктор» оставался книжным, учёным термином. Поэтому прозвище Доктор, скорее всего, возникло в образованной среде — либо в семинарии, либо у людей, имевших дело с университетской наукой.

Фамилия редкая и, вероятно, не слишком древняя: массово искусственные фамилии в семинариях давали в XVIII–XIX веках. Если Докторин — потомок лекаря, то прозвище могло возникнуть и раньше, но письменных свидетельств о раннем бытовании этой фамилии нет. Встречается она в основном в центральных и северных губерниях России, что тоже характерно для «учёных» фамилий, распространённых через духовные учебные заведения.