Фамилия Докукины — одна из тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит слово «докука». В старом русском языке у него было два основных значения: «надоедливая просьба, назойливое приставание» и, наоборот, «ходатайство, хлопоты». Отсюда же и глагол «докучать».

Прозвище Докука могли дать двум совершенно разным типам людей. Первый — человек навязчивый, приставучий, от которого нет покоя. Второй — тот, кто постоянно хлопочет по делам, бьёт челом, подаёт прошения, то есть по сути — ходатай. В этом втором значении прозвище могло быть не обидным, а отражающим род занятий или общественную роль.

Докукин — это типичная «отческая» фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечает на вопрос «чей?». Значит, Докукин — сын Докуки. Модель образования простая и распространённая, как у фамилий Пушкин, Ильин или Головин.

Имена и прозвища с корнем «док-» встречаются в документах с XVI века. Например, в описях, которые цитирует историк Степан Веселовский, упоминаются Калина Докука (крестьянин, 1572 год), Ульяна Докука (холопка, 1595 год, Новгород) и Дмитрий Поспелов Докука (помещик, 1572 год, Суздаль). Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — от холопов до землевладельцев.

Географически фамилия Докукины встречается в основном в центральных регионах России и Поволжье, хотя точную дату и место её возникновения назвать невозможно — формирование фамилий шло постепенно на протяжении нескольких столетий.