Фамилия Долгушев образована от прозвища Долгуша. Скорее всего, оно восходит к слову «долгий» в значении «большой, длинный». Долгушами в старину нередко называли рослых, высоких людей. Это самая прямая и очевидная версия: прозвище давали по заметной внешней примете.

Менее вероятно, что прозвище Долгуша связано с нарицательным «долгунец» — «лён с длинным волокном». В таком случае Долгушей могли прозвать человека, занимающегося выращиванием льна либо пошивом одежды из льняных нитей. Эта гипотеза слабее: прозвище от названия растения или ткани встречается реже, чем антропологическая модель «по росту», к тому же в русских говорах слово «долгуша» имело и другие значения — так называли длинную телегу или повозку. Если предок был возчиком или извозчиком, прозвище могло закрепиться за ним по роду занятий.

В любом случае, потомок человека по прозвищу Долгуша со временем получил фамилию Долгушев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Долгушев, то есть сын или потомок Долгуши. Фамилия вписывается в продуктивную модель образования русских фамилий от прозвищ на -а, -я (ср. Гуляев, Вертяев, Ширяев). Поскольку прозвище Долгуша не было связано с крестильным именем, фамилия могла возникнуть в любой среде — и среди крестьян, и среди посадских людей. Точных сведений о сословной принадлежности первых носителей нет, но география фамилии широкая: Долгушевы встречаются и в центральных областях России, и на Русском Севере, где лён традиционно возделывали.