Фамилия Долгушины (в мужском варианте — Долгушин) образована от личного прозвища Долгуша. В старину так называли рослых, высоких людей — слово «долгий» в значении «длинный» прямо указывало на рост. Модель образования типична для русских фамилий: основа прозвища плюс притяжательный суффикс -ин, который указывал на принадлежность «сын Долгуши» или «из семьи Долгуши».

Встречается и вторая версия, хотя она менее правдоподобна: прозвище могли дать по этнониму «долган» — представителю тюркоязычной народности, живущей на Таймыре. Но для центральной России XVI–XVII веков такое объяснение — скорее исключение, чем правило, и не подтверждается ранними источниками.

Историк С. Б. Веселовский в своих работах по ономастике приводит прямые свидетельства бытования фамилии в начале XVII века. В 1623 году в Вязьме жил посадский человек Антон Долгушин, а в 1630 году упоминается пушкарь Семен Долгушин. Эти записи показывают, что уже тогда фамилия закрепилась за конкретными людьми, причем принадлежала не только крестьянам, но и служилым людям «по прибору» — пушкарям, что говорит о разном социальном положении носителей.

Суффикс -ин, а не -ов, в фамилии не случаен. В древнерусском языке прозвища, оканчивающиеся на -а (Долгуша), образовывали фамилии именно с помощью -ин. Такая модель была особенно распространена на севере и в центральных областях России, в то время как на юге и западе чаще встречался суффикс -ов.

Однокоренных фамилий несколько: Долганов, Долгих, Долгов. Все они восходят к тому же корню «долг-» (длинный), но различаются по суффиксам и, следовательно, по географии распространения. Долгих — типичная северная фамилия в форме родительного падежа множественного числа, а Долгушин — более южный или центральный вариант.

Точное место возникновения фамилии Долгушин сейчас установить сложно: процесс формирования фамилий растянулся на столетия, и одни и те же прозвища могли независимо возникать в разных регионах. Но ранние упоминания в Вязьме дают одну из возможных точек отсчета.