Фамилия Долгушина образована от прозвища Долгуша. В старину так чаще всего называли человека высокого роста — «долгий» в значении «длинный». Прозвище было точным и наглядным, не требовало дополнительных пояснений: стоило человеку выделиться ростом, и меткое слово закреплялось за ним, а потом и за его семьёй.

Существует и другая версия — менее вероятная. Согласно ей, в основе лежит слово «долган» (название народности). Тогда Долгушей могли прозвать человека, имевшего отношение к долганам, либо внешне на них похожего. Однако основная масса носителей фамилии — русские, и связь с конкретным этносом проследить трудно. Поэтому версия о росте остаётся главной.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Долгуши». В русских фамилиях этот суффистр типичен для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия Долгушин (и её женская форма Долгушина) относится к древнему пласту патронимических фамилий, сложившихся ещё в XVI–XVII веках.

Историк С. Б. Веселовский в своих трудах приводит ранние упоминания: Долгушин Семён, пушкарь (1630 год), и Долгушин Антон, посадский человек из Вязьмы (1623 год). Эти записи показывают, что фамилия бытовала в разных социальных слоях — и среди служилых людей по прибору (пушкари), и среди посадского населения. Вязьма — не случайное место: смоленские и тверские земли дали много фамилий с корнем «долг-».

В XX веке фамилия встречается в документах, разбросанных по разным регионам. Например, Долгушин Алексей Алексеевич (1895 года рождения из села Тагай Ульяновской области) и Долгушины из деревень Омской области. Это подтверждает, что фамилия не замыкалась в одной местности, а распространилась вместе с переселениями крестьян.