Фамилия Долиненко образована от прозвища Долина. По одной из версий, оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «ровное береговое пространство вдоль реки». Также долиной называют удлиненную впадину между горами или холмами. Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Долина содержало указание на особенности места жительства основателя фамилии (в долине). Согласно другой гипотезе, прозвище Долина имеет схожую этимологию со словом «доля» в значении «часть, дробь, надел, участок». В таком случае Долиной могли прозвать землевладельца либо человека, который занимался межеванием земельных участков. Так и прозвище Долина закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Долиненко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Долина, со временем получил фамилию Долиненко.